由中国微生物学会基础微生物学专业委员会、农业微生物学专业委员会、微生物资源专业委员会主办，国家海洋局第三海洋研究所、农业微生物学国家重点实验室、国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室和微生物农药国家工程研究中心承办的第三届全国微生物基因组学学术研讨会于2010年11月26日-11月29日在厦门市国家会计学院胜利召开。
27日上午举行开幕式，由农业微生物学专业委员会副主任委员孙明教授主持，中国微生物学会理事长赵国屏院士致开幕词，中国微生物学会肖昌松秘书长、国家海洋局第三海洋研究所尹卫平书记、基础微生物学专业委员会主任委员曲音波教授、农业微生物学国家重点实验室学术委员会主任喻子牛教授在开幕式上致辞。微生物资源专业委员会副主任委员方呈祥教授、余利岩研究员以及邵宗泽研究员也出席了本次会议。
会议邀请了中科院上海植物生理生态研究所赵国屏院士、中国科学院微生物研究所东秀珠研究员、中国农科院生物研究所林敏研究员、南开大学王磊教授、华中农业大学周锐、孙明教授、军事医学科学院杨瑞馥研究员、中科院生物物理研究所毕利军研究员、中科院上海植物生理生态研究所王成树研究员等19位专家作了大会报告。同时，还有19位专家作了专题报告。
报告以微生物基因组分析为核心，内容覆盖了农业、医学、工业以及环境等不同领域的微生物功能基因组学、比较基因组学、转录基因组学、宏基因组学、代谢组学以及生物信息学的最新研究进展。报告内容丰富、准备充分，与会代表积极踊跃。会场座无虚席，会场学术气氛浓厚，提问热烈。本次研讨会为微生物基因组学研究提供了一个很好的交流平台。会议的成功召开将推动我国微生物基因组学的研究进展，并将带动我国微生物学的基础研究与资源发掘。
会议共收到论文摘要90余篇，来自北京、上海、天津、广东、福建、山东、湖北、湖南、内蒙古、新疆、河南、河北、浙江、吉林、四川、甘肃、江苏、海南和香港等19个省（市、自治区、特别行政区）的正式代表203人出席会议，实际参加会议250多人。本次研讨会有一大批年轻学者到会交流。可以看出，我国微生物基因组学的发展充满活力。
本次研讨会得到了第三海洋研究所（科技处）的大力支持，27日晚宴请了与会代表。代表们一致认为，本次会议组织有力，服务周到，接待热情。对此，专业委员会对第三海洋研究所及华中农业大学的全体会务组工作人员致以衷心感谢！
会议还得到了上海美吉生物医药科技有限公司、香港伯齐科技有限公司、深圳华大基因研究院和上海吉泰生物科技有限公司的赞助，在此一并致谢。
与会代表期待着2012年在山东大学的学术研讨会上再度相聚，进一步推动我国微生物学基因组学发展。
